Secondo quanto riportato da “Sky Sports”, oltre alla trattativa portata avanti con Sam Allardyce, l’Everton continua la ricerca di un nuovo allenatore dopo l’esonero di Ronald Koeman. L’ultimo tecnico contattato dal club è Paulo Fonseca, attuale allenatore dello Shakhtar Donetsk. Inizia la carriera da allenatore subito dopo il ritiro dal calcio giocato, iniziando dalle serie minori portoghesi. Per la stagione 2012-2013, viene chiamato dal Paços de Ferreira. La stagione coi Castores si conclude con un terzo posto, che consente uno storico accesso ai play-off di Champions League. La stagione successiva sostituisce Vítor Pereira sulla panchina del Porto. Coi Dragões vince il suo primo trofeo da allenatore, ovvero la Supercoppa contro il Vitória Guimarães. Il 5 marzo 2014, complici gli scarsi risultati in campionato, viene sollevato dall’incarico. Nel giugno dello stesso anno, torna nuovamente al Paços de Ferreira. La sua seconda stagione in maglia giallo-verde si conclude con un ottavo posto. Il 2 luglio 2015 firma un contratto biennale con il Braga, conducendola ad un quarto posto in campionato e alla conquista della coppa nazionale contro il Porto, sua ex squadra. Il 31 maggio 2016 viene ufficializzato il suo ingaggio dallo Šachtar, firmando un contratto biennale. Il 6 maggio 2017, con quattro giornate d’anticipo, vince il campionato ucraino. Poche settimane dopo, bissa il successo in campionato, sconfiggendo in finale di Coppa d’Ucraina i rivali della Dinamo Kiev col punteggio di 1-0.
